医院管理处是北京大学医学部所属附属医院的医疗行政管理部门，承担着北京大学各附属医院医疗管理、监督与协调工作。
直属附属医院
Ø 北京大学第一医院始建于1915年。
Ø 北京大学人民医院始建于1918年。
Ø 北京大学第三医院始建于1958年。
Ø 北京大学口腔医院始建于1941年。
Ø 北京大学肿瘤医院始建于1976年。
Ø 北京大学第六医院始建于1980年。
共建医院
Ø 北京大学深圳医院，2000年10月，深圳市人民政府与北京大学签署合作协议，将医院纳入北京大学附属医院管理体系，并更名为“北京大学深圳医院”。
Ø 北京大学首钢医院，2002年9月，首钢总公司与北京大学签署联合办院协议，成为北京大学附属医院、北京大学教学医院、北京大学临床学院。
Ø 北京大学国际医院，2014年12月5日开业，2018年12月正式获批北京大学第八临床医学院，在医疗、教学和科研方面得到了北京大学医学部及其附属医院系统的大力支持。
Ø 北京大学滨海医院，2008年天津市滨海新区人民政府与北京大学医学部开启合作共建，“全面合作，委托管理”。
